L’EIPLI ha in gran parte realizzato, e gestisce, tre grandi schemi idrici denominati Ionico-Sinni, Basento-Bradano e Ofanto, a cui si aggiunge un quarto schema, molto più limitato degli altri tre, costituito dalle sorgenti del Tara.
Tali schemi, originariamente nati per l’agricoltura, hanno sempre più assunto carattere di sistema idrico ad usi plurimi (potabile, irriguo, industriale ed energetico), pur permanendo la prevalenza d’uso in agricoltura. Inoltre le infrastrutture gestite da EIPLI sono state interconnesse con le infrastrutture idriche gestite dagli altri Enti che operano nei diversi segmenti del servizio idrico, per diversi usi, soprattutto in Puglia e Basilicata.